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チェックボックスはマウス操作でしか捜査できませんが、キーボード（Enter）からチェックする方法を教えて下さい。

チェックボックスをサブクラス化し、WM_KEYDOWNなどでEnterキーが押されたことを拾い、
そこでBM_GETCHECKやBM_SETCHECKを使ってチェック状態を反転させればよいでしょう。
サブクラス化に関しては検索してみてください。（ここの検索とか、Googleとか…）

チェックボックスにフォーカスをあわせて、SPACE キーで操作できませんか？
Windows 標準の動作ですので、おかしなことをしてない限りできると思います。

あと、Alt キー同時押しによるアクセラレーション（下線付きアルファベットのやつ）も検討してみてはいかがでしょう。