レジストリのrunを使用すればよいのでは？

[ume]

XPの場合しか知らないですがレジストリのrunキーに実行ファイルを登録すれば自動実行は可能です。
runキーについて　http://support.microsoft.com/kb/314866/ja
レジストリの操作はRegCreateKeyExと関連のAPIで行えます。（ヘルプ参照）
タスクトレイのアイコン追加については
http://mxm-wk.com/abfan/002.html
を参照してください。

[ume]

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