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どうでもいい事ですが、DIOC_REGISTERS構造体にEBPとESPは入らないんですね。

[hide=因みに。]1セクタ目がブートセクタかどうかを判定する方法は簡単で、基本的に&H01FE-&H01FF番地の値が&H55AAになっているかを調べるだけで済みます。
1セクタ目は最初の3バイトが&HEB4E90で、その次の8バイトがブートセクタの名前、次の32バイトは色々と細々とした設定が続き、次の11バイトがディスク名、次の8バイトがフォーマット名(FAT)、その後18バイトが0で埋め尽くされていると思います。

FDから起動するようなOSは今はあまり在りませんが。
参考:OS自作入門(川合秀実 著)[/hide]

解説忘れました。
このプログラムは，例としてAドライブの最初の1セクタ（おそらくはFDのブートセクタ）を読み込んでファイルに書き出しています。

#strict

Const CARRY_FLAG = 1

Const VWIN32_DIOC_DOS_INT25 = 2
Const VWIN32_DIOC_DOS_INT26 = 3
Const VWIN32_DIOC_DOS_DRIVEINFO = 6

Const INVALID_SET_FILE_POINTER = &HFFFFFFFF

Type DIOC_REGISTERS
	reg_EBX As DWord
	reg_EDX As DWord
	reg_ECX As DWord
	reg_EAX As DWord
	reg_EDI As DWord
	reg_ESI As DWord
	reg_Flags As DWord
End Type

Type Align(1) DISKIO
	dwStartSector As DWord   ' 論理セクタ番号の開始番号
	wSectors As Word         ' セクタ数
	dwBuffer As DWord        ' 読み込み/書き込みバッファのアドレス
End Type

Declare Function DeviceIoControl Lib "Kernel32" (
	hDevice As HANDLE,
	dwIoControlCode As DWord,
	lpInBuffer As VoidPtr,
	nInBufferSize As DWord,
	lpOutBuffer As VoidPtr,
	nOutBufferSize As DWord,
	lpBytesReturned As DWordPtr,
	lpOverlapped As *OVERLAPPED) As Long

' GetClusterSize9x内部で呼んでいる関数
' これはMSのCでのサンプルの関数をほぼそのままABに移植しただけ。
' http://support.microsoft.com/?scid=kb;ja;174569

' NewReadSectors, ReadLogicalSectors
' 引数
'	hDev vwin32のハンドル
'	bDrive ドライブ番号(0=カレントドライブ, 1=Aドライブ, 2=B, 3=C 4=D, ……)
'	dwStartSector 読み込み開始セクタ番号
'	wSectors 読み込むセクタ数
'	pSectBuff 読み込む先のバッファへのポインタ
Function NewReadSectors(hDev As HANDLE, bDrive As Byte, dwStartSector As DWord, wSectors As Word, pSectBuff As VoidPtr) As BOOL
	Dim cb As DWord
	Dim reg As DIOC_REGISTERS
	Dim dio As DISKIO

	With dio
		.dwStartSector = dwStartSector
		.wSectors      = wSectors
		.dwBuffer      = pSectBuff As DWord
	End With

	With reg
		.reg_EAX = &h7305   ' Ext_ABSDiskReadWrite
		.reg_EBX = VarPtr(dio) As DWord
		.reg_ECX = -1
		.reg_EDX = bDrive   ' Int 21h, fn 7305h ドライブ番号は 1 ベースです。
	End With

	If DeviceIoControl(hDev, VWIN32_DIOC_DOS_DRIVEINFO, 
		VarPtr(reg), Len(reg), VarPtr(reg), Len(reg), VarPtr(cb), 0) Then
		' DeviceIoControl および読み取りが成功しているかどうか検証します。
		NewReadSectors = (reg.reg_Flags And CARRY_FLAG) <> 0
	End If
End Function

Function ReadLogicalSectors(hDev As HANDLE, bDrive As Byte,dwStartSector As DWord, wSectors As Word, pSectBuff As *Byte)
	Dim cb As DWord
	Dim reg As DIOC_REGISTERS
	Dim dio As DISKIO

	With dio
		.dwStartSector = dwStartSector
		.wSectors      = wSectors
		.dwBuffer      = pSectBuff As DWord
	End With
	
	With reg
		.reg_EAX = bDrive - 1    ' Int 25h ドライブ番号は 0 ベースです。
		.reg_EBX = VarPtr(dio) As DWord
		.reg_ECX = &hFFFF        ' DISKIO 構造体を使用します。
	End With

	If DeviceIoControl(hDev, VWIN32_DIOC_DOS_INT25,
                                VarPtr (reg), Len (reg),
                                VarPtr (reg), Len (reg), VarPtr (cb), 0) <> FALSE Then
		' DeviceIoControl および読み取りが成功しているかどうか検証します。
		ReadLogicalSectors = (reg.reg_Flags And CARRY_FLAG) = 0
	End If
End Function

Dim vi As OSVERSIONINFO
vi.dwOSVersionInfoSize = Len (vi)
GetVersionEx(vi)

Function IsWin95OSR2OrOver(ByRef vi As OSVERSIONINFO) As BOOL
	With vi
		If .dwPlatformId = VER_PLATFORM_WIN32_WINDOWS And _
			.dwMajorVersion = 4 And _
			(.dwMinorVersion >= 10 Or .szCSDVersion[0] = Asc("B") Or .szCSDVersion[0] = Asc("C")) Then
			IsWin95OSR2OrOver = TRUE
		Else
			IsWin95OSR2OrOver = FALSE
		End If
	End With
End Function

Const SectorSize = 512

'   ReadDriveSector - セクター単位読込
' driveLatter ドライブ文字
' startSector 読込を開始するセクタ番号（0から）
' sectors 読み込むセクタ数
' buf 読み込むバッファ
' 注意：セクタサイズは512バイトで決め打ちしてある。
Function ReadDriveSector(driveLatter As Byte, startSector As DWord, sectors As Word, buf As *Byte) As BOOL
	If vi.dwPlatformId = VER_PLATFORM_WIN32_NT Then
		Dim drive[6] As Byte
		wsprintf(drive, "\\.\%c:", driveLatter)

		Dim hDrive As HANDLE
		hDrive = CreateFile(drive, GENERIC_READ, FILE_SHARE_READ, ByVal 0, OPEN_ALWAYS, 0, 0)
		If hDrive <> INVALID_HANDLE_VALUE Then
			If SetFilePointer(hDrive, startSector * SectorSize, 0, FILE_BEGIN) <> INVALID_SET_FILE_POINTER Then
				Dim readSize As DWord
				ReadDriveSector = ReadFile(hDrive, buf, sectors * SectorSize, VarPtr(readSize), ByVal 0)
			End If
		End If
		CloseHandle(hDrive)
	Else
		Dim driveNum As Byte
		driveNum = CharLower(driveLatter As ULONG_PTR As *Byte) As ULONG_PTR As Byte - Asc("a")
		driveNum++

		Dim hDevice As HANDLE
		hDevice = CreateFile("\\.\vwin32", 0, 0, ByVal NULL, 0, FILE_FLAG_DELETE_ON_CLOSE, NULL)
		If hDevice <> INVALID_HANDLE_VALUE Then

			Dim ret As BOOL
			If IsWin95OSR2OrOver(vi) Then
				ReadDriveSector = NewReadSectors(hDevice, driveNum, startSector, sectors, buf)
			Else
				ReadDriveSector = ReadLogicalSectors(hDevice, driveNum, startSector, sectors, buf)
			End If
			CloseHandle(hDevice)
		End If
	End If
End Function

Dim buffer[ELM(SectorSize)] As Byte
ReadDriveSector(Asc("A"), 0, 1, buffer)
Dim hWrite As HANDLE
hWrite = CreateFile("H:\out.bin", GENERIC_WRITE, 0, ByVal 0, CREATE_ALWAYS, 0, 0)
If hWrite <> INVALID_HANDLE_VALUE Then
	Dim writtenSize As DWord
	WriteFile(hWrite, buffer, Len (buffer), VarPtr(writtenSize), ByVal 0)
	CloseHandle(hWrite)
End If

セクタ単位でディスクを読み込みます。
NT系，Win 95 OSR2以降，Win 95初期版で場合分けしています。
NT系はとても簡単で，普通のファイル同様ReadFileで読み込めます。
9xでは結構面倒くさく，VWIN32 VxDを通じてDOS IOCTLファンクションを呼ぶということを行っています。
詳しくはここを参照してください。
[url=http://support.microsoft.com/?scid=kb;ja;174569][SDK32]OSR2上の Int 21 読み取り/書き込みトラックが失敗する[/url]
Win95 初期版で使えたファンクションがOSR2以降では使えないというバグがあるため，
OSR2以降で新しく用意された別のファンクションの呼出に切り替えています。

[hide][code]#strict

Const CARRY_FLAG = 1

Const VWIN32_DIOC_DOS_INT25 = 2
Const VWIN32_DIOC_DOS_INT26 = 3
Const VWIN32_DIOC_DOS_DRIVEINFO = 6

Const INVALID_SET_FILE_POINTER = &HFFFFFFFF

Type DIOC_REGISTERS
reg_EBX As DWord
reg_EDX As DWord
reg_ECX As DWord
reg_EAX As DWord
reg_EDI As DWord
reg_ESI As DWord
reg_Flags As DWord
End Type

Type Align(1) DISKIO
dwStartSector As DWord ' 論理セクタ番号の開始番号
wSectors As Word ' セクタ数
dwBuffer As DWord ' 読み込み/書き込みバッファのアドレス
End Type

Declare Function DeviceIoControl Lib "Kernel32" (
hDevice As HANDLE,
dwIoControlCode As DWord,
lpInBuffer As VoidPtr,
nInBufferSize As DWord,
lpOutBuffer As VoidPtr,
nOutBufferSize As DWord,
lpBytesReturned As DWordPtr,
lpOverlapped As *OVERLAPPED) As Long

' GetClusterSize9x内部で呼んでいる関数
' これはMSのCでのサンプルの関数をほぼそのままABに移植しただけ。
' http://support.microsoft.com/?scid=kb;ja;174569

' NewReadSectors, ReadLogicalSectors
' 引数
' hDev vwin32のハンドル
' bDrive ドライブ番号(0=カレントドライブ, 1=Aドライブ, 2=B, 3=C 4=D, ……)
' dwStartSector 読み込み開始セクタ番号
' wSectors 読み込むセクタ数
' pSectBuff 読み込む先のバッファへのポインタ
Function NewReadSectors(hDev As HANDLE, bDrive As Byte, dwStartSector As DWord, wSectors As Word, pSectBuff As VoidPtr) As BOOL
Dim cb As DWord
Dim reg As DIOC_REGISTERS
Dim dio As DISKIO

With dio
.dwStartSector = dwStartSector
.wSectors = wSectors
.dwBuffer = pSectBuff As DWord
End With

With reg
.reg_EAX = &h7305 ' Ext_ABSDiskReadWrite
.reg_EBX = VarPtr(dio) As DWord
.reg_ECX = -1
.reg_EDX = bDrive ' Int 21h, fn 7305h ドライブ番号は 1 ベースです。
End With

If DeviceIoControl(hDev, VWIN32_DIOC_DOS_DRIVEINFO,
VarPtr(reg), Len(reg), VarPtr(reg), Len(reg), VarPtr(cb), 0) Then
' DeviceIoControl および読み取りが成功しているかどうか検証します。
NewReadSectors = (reg.reg_Flags And CARRY_FLAG) <> 0
End If
End Function

Function ReadLogicalSectors(hDev As HANDLE, bDrive As Byte,dwStartSector As DWord, wSectors As Word, pSectBuff As *Byte)
Dim cb As DWord
Dim reg As DIOC_REGISTERS
Dim dio As DISKIO

With dio
.dwStartSector = dwStartSector
.wSectors = wSectors
.dwBuffer = pSectBuff As DWord
End With

With reg
.reg_EAX = bDrive - 1 ' Int 25h ドライブ番号は 0 ベースです。
.reg_EBX = VarPtr(dio) As DWord
.reg_ECX = &hFFFF ' DISKIO 構造体を使用します。
End With

If DeviceIoControl(hDev, VWIN32_DIOC_DOS_INT25,
VarPtr (reg), Len (reg),
VarPtr (reg), Len (reg), VarPtr (cb), 0) <> FALSE Then
' DeviceIoControl および読み取りが成功しているかどうか検証します。
ReadLogicalSectors = (reg.reg_Flags And CARRY_FLAG) = 0
End If
End Function

Dim vi As OSVERSIONINFO
vi.dwOSVersionInfoSize = Len (vi)
GetVersionEx(vi)

Function IsWin95OSR2OrOver(ByRef vi As OSVERSIONINFO) As BOOL
With vi
If .dwPlatformId = VER_PLATFORM_WIN32_WINDOWS And _
.dwMajorVersion = 4 And _
(.dwMinorVersion >= 10 Or .szCSDVersion[0] = Asc("B") Or .szCSDVersion[0] = Asc("C")) Then
IsWin95OSR2OrOver = TRUE
Else
IsWin95OSR2OrOver = FALSE
End If
End With
End Function

Const SectorSize = 512

' ReadDriveSector - セクター単位読込
' driveLatter ドライブ文字
' startSector 読込を開始するセクタ番号（0から）
' sectors 読み込むセクタ数
' buf 読み込むバッファ
' 注意：セクタサイズは512バイトで決め打ちしてある。
Function ReadDriveSector(driveLatter As Byte, startSector As DWord, sectors As Word, buf As *Byte) As BOOL
If vi.dwPlatformId = VER_PLATFORM_WIN32_NT Then
Dim drive[6] As Byte
wsprintf(drive, "\\.\%c:", driveLatter)

Dim hDrive As HANDLE
hDrive = CreateFile(drive, GENERIC_READ, FILE_SHARE_READ, ByVal 0, OPEN_ALWAYS, 0, 0)
If hDrive <> INVALID_HANDLE_VALUE Then
If SetFilePointer(hDrive, startSector * SectorSize, 0, FILE_BEGIN) <> INVALID_SET_FILE_POINTER Then
Dim readSize As DWord
ReadDriveSector = ReadFile(hDrive, buf, sectors * SectorSize, VarPtr(readSize), ByVal 0)
End If
End If
CloseHandle(hDrive)
Else
Dim driveNum As Byte
driveNum = CharLower(driveLatter As ULONG_PTR As *Byte) As ULONG_PTR As Byte - Asc("a")
driveNum++

Dim hDevice As HANDLE
hDevice = CreateFile("\\.\vwin32", 0, 0, ByVal NULL, 0, FILE_FLAG_DELETE_ON_CLOSE, NULL)
If hDevice <> INVALID_HANDLE_VALUE Then

Dim ret As BOOL
If IsWin95OSR2OrOver(vi) Then
ReadDriveSector = NewReadSectors(hDevice, driveNum, startSector, sectors, buf)
Else
ReadDriveSector = ReadLogicalSectors(hDevice, driveNum, startSector, sectors, buf)
End If
CloseHandle(hDevice)
End If
End If
End Function

Dim buffer[ELM(SectorSize)] As Byte
ReadDriveSector(Asc("A"), 0, 1, buffer)
Dim hWrite As HANDLE
hWrite = CreateFile("H:\out.bin", GENERIC_WRITE, 0, ByVal 0, CREATE_ALWAYS, 0, 0)
If hWrite <> INVALID_HANDLE_VALUE Then
Dim writtenSize As DWord
WriteFile(hWrite, buffer, Len (buffer), VarPtr(writtenSize), ByVal 0)
CloseHandle(hWrite)
End If[/code][/hide]