自分が使っているDLLは書き込みオープンできません。
ちょっと試してみたのですが、Declareで宣言した関数を含むDLLは、読み取りアクセスはできても書き込みアクセスはできません。
だから、自分の使っていないDLLにしか設定を書き込めないことになります。
自分は使わないけど保存用のDLLがあるってのは、何だか矛盾していると思いますが・・・。
どうしても設定ファイルを出したくないなら、実行ファイルを二つ作って(甲、乙)、
1.甲が終了間際に乙を起動
2.乙に保存内容を渡して甲は終了
3.乙は終了した甲のNULL領域に設定を書き込む
という流れが考えられますが・・・↓同じアイディアでアイコンを変えるサンプル。
http://www.activebasic.com/forum/viewtopic.php?t=1154
それより、ゲストさんの仰るとおり暗号化して普通に書き込んだほうが安全かと思います。
隠しファイルのシステムファイル属性でも付ければ大丈夫ではないでしょうか?